針對場內外爆發衝突，行政院發言人徐國勇會後表示，國民黨把公聽會當成黨內初選的比武場，且有人蓄意挑起仇日情緒，行政院感到極爲遺憾。
針對國民黨立委王育敏表示，公聽會違背應在14天前就公告詳細的時間、地點與議程的規定，衛福部次長何啓功解釋，這是王育敏的提案，但衛福部蒐集相關法規資料，「找不出任何公聽會舉辦必須要在14天，或多少天以前公告的相關條文。」
總統府發言人黃重諺也表示，對於國民黨把這個可以對話的平臺，操作成黨內選舉競逐的表演場，令人遺憾。
行政院指出，昨天會議在與會者共同確認下，取得四點結論：1、產地標示的代碼問題（都道府縣），商品進口時必須依據臺灣的規定辦理。違反時，會依照相關法令處理。複合式包裝食品會拆開檢查，若查出有管制區商品，將直接退運。
2、關於臺灣派遣專家前往日本檢測問題，政府將提出檢測清單，與民間共同討論，並依日韓合作原則與日方協商比照辦理。
3、關於消費者是否在餐廳能夠判斷日本食品來源問題，衛福部將輔導直接供應飲食的場所於菜單或其他足以說明相關資訊之方式標示，以促進消費者知情權。
4、政府欲從區域管制改爲高風險產品管制，但在昨天的會議中，對於品項的原始檢驗數據評估仍未完整提出並缺乏掌握，包括缺乏日本17縣的檢驗數值之分析，與會者要求政府應該提出所有相關數據及資料還有風險評估結果來做說明，以供進一步討論。